La colonización de las islas con la llegada de los fareros supone un drástico cambio en el medio hasta entonces casi virgen. Se incendia la isla para acabar con las víboras (las últimas fueron vistas a finales del siglo XIX).
Se introdujeron animales domésticos (conejos, cabras, cerdos) y se elimina casi toda la vegetación arbustiva para su aprovechamiento como leña. Los últimos restos de vegetación original se conservan en un pequeño rodal de la Ferrera, donde subsisten unos pocos ejemplares de palmito, lentisco y zarzaparrilla, especies que originalmente cubrían l'Illa Grossa.
La geomorfología, la vegetación y la fauna de las islas están absolutamente modeladas por la acción del mar. Los procesos erosivos producidos por los agentes climáticos esculpen el paisaje isleño, excavando la caldera de la isla por el noreste, y abriendo el único buen sitio para fondear, Puerto Tofiño.
Los materiales volcánicos, cenizas y escorias compactadas son frágiles a la acción del mar y de las lluvias, hecho que unido a las fuertes pendientes, acelera los procesos erosivo cuando se pierde la cubierta vegetal.
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Además de la influencia marina otro factor que modela la fauna y la flora de las Columbretes es el propio aislamiento isleño. Muy alejadas de la tierra más próxima, las poblaciones vegetales y animales insulares se han ido diferenciando de aquellas que las originaron, evolucionando hasta dar especies y subespecies endémicas, la distribución mundial de las cuales queda restringida a estas islas. Encontramos especies de plantas como la alfalfa arbórea, que aparece también en algunos islotes de Baleares, y el mastuerzo marítimo.
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